L’UFC est un établissement public dont le siège est à Besançon. Elle possède 12 composantes qui sont des unités de formation et de recherche (UFR), des écoles ou des instituts. Elle est répartie sur cinq sites : Besançon (Doubs), Belfort (Territoire de Belfort), Montbéliard (Doubs), Vesoul (Haute-Saône) et Lons-le-Saunier (Jura).

Les thématiques de recherche sont les sciences de l’environnement et de la santé, les sciences de l’homme et de la société et les sciences pour l’ingénieur et les sciences fondamentales.

L’UFC possède plus de 460 formations du DUT, licence, licence professionnelle, master, doctorat, aux diplômes d’université (DU ou DIU), et un diplôme d’ingénieur. Certains de ces cursus peuvent s’effectuer en alternance et tous sont ouverts à la formation continue.

Elle compte 30 000 apprenants, 2400 enseignants et personnels administratifs et techniques.