L’université Marie et Louis Pasteur (UMLP) est un établissement public expérimental (EPE), créée au 1er décembre 2024. Elle se substitue à l’université de Franche-Comté et à la communauté d’universités et établissements Université Bourgogne – Franche-Comté. Son siège est à Besançon.
L’université de technologie de Belfort-Montbéliard (UTBM) et l’École nationale supérieure de mécanique et des microtechniques (Supmicrotech) sont des établissements composantes de l’université Marie et Louis Pasteur. L’École nationale supérieure d’arts et métiers (ENSAM) au titre de son Campus de Cluny, le centre hospitalier universitaire de Besançon, l’Institut supérieur des beaux-arts de Besançon (ISBA), l’École supérieure des technologies et des affaires (ESTA) de Belfort, l’Établissement français du sang (EFS) et le centre régional des œuvres universitaires et scolaires de Bourgogne-Franche-Comté (CROUS) sont associés à l’université Marie et Louis Pasteur.